科學家發明高通量RNA結構測定方法

12月份出版的《自然—方法學》刊登了一篇文章，描述了一種高通量RNA結構測定方法——“片段化測序”法（Fragmentation sequencing ，FragSeq）。相關研究由美國加州大學圣克魯茲分校霍華德·休斯醫學研究院教授索菲·薩拉馬（Sofie Salama）所領導的課題組完成。

RNA對基因表達和基因組穩定性的調控作用成為近來研究的熱點，而弄清RNA二級結構是理解RNA功能的第一個必要步驟。測定非編碼RNA結構的經典方法是化學法和酶法，但是它們一次只能測定一個RNA分子，這種方法不僅費力而且對技術要求高。FragSeq法卻可以在整個轉錄組水平同時對大量RNA進行結構測定。

該研究利用核酸酶P1將小鼠RNA進行片段化，得到20–100-nt 大小片段；之后在片段的5"-PO4 和3"-OH端分別加上接頭，通過逆轉錄和PCR擴增之后，構建FragSeq文庫并對其進行深測序。為了保證文庫片段均是由核酸酶P1剪切產生，薩拉馬等設置了兩個對照組：一組RNA不使用核酸酶P1處理來估算由內源降解產生5"-PO4 基團的片段數，另一組則多加了T4連接酶處理RNA，以此來計算不產生5"-PO4基團的片段數。通過凝膠電泳分離出目標片段。最后薩拉馬等利用一種軟件，可以將大量測序結果格式化，使其能夠被一種RNA預測軟件讀取，進而預測出RNA二級結構。

相關方法 ：“片段化測序”法

完成人 ：索菲·薩拉馬 課題組

實驗室 ：美國加州大學圣克魯茲分校霍華德·休斯醫學研究院  加州大學圣克魯茲分校巴斯金工程學院生物分子科學與工程學中心  美國羅切斯特大學物理與天文學系  美國羅切斯特大學生物化學與生物物理系。