RNAi off-target效應

1、相似性序列發生Cross－react引起脫靶效應。

2、監測手段：對脫靶效應的監測一般通過基因芯片來監測。Gene expression profiling對脫靶效應。

3、脫靶效應的特性：轉錄物表達模式有序列特異性和靶特異性兩種。

4、大部分脫靶效應具有siRNA序列特異性。

低濃度也可能產生脫靶效應，不僅僅是高濃度能產生脫靶效應的假象。

脫靶效應在蛋白和mRNA水平同時考慮進行分析，要縝密分析和確定分析的時間點。

特別是要確定脫靶效應是否是蛋白被knock－down的次級效應，因此要分時序性進行分析。

對靶蛋白和目的轉錄本進行半衰期分析或者獲取相關的資料。在蛋白效應以前通過表達圖譜分析已經確認非次級效應影響。看降解靶轉錄本和靶蛋白效應時間分水嶺可以判定是否為次級基因表達改變所影響的。

從脫靶效應來看，正義和反義鏈都有可能引起脫靶效應，主要看是哪條鏈產生干擾作用。脫靶效益可能是獨立于基因沉默效應的，可能是序列依賴性的。11-15核苷酸序列相似性的序列都可能產生脫靶效應。正義鏈的3’和反義鏈的5’端對基因沉默的貢獻相對較大。我們叫其core 序列。

5、避免off-target效應來說都是相對的，也不是絕對的，這個需要考慮綜合因素的影響，我上面提及的dharmacon的那個軟件就是一個輔助設計避免off-target的一種策略，將試驗的方方面面周全考慮不是壞事，可以盡量做到最好吧。

現在有些設計的工具軟件，他們加入了許多設計上的程序和矩陣，讓設計原則更加合理，任何工具只能相對而言的，利用生物信息學原理進行篩選還是有一定必要的，但是針對具體的靶標來說，具體情況具體分析，很多基因的選擇余地也不是一致的！

以下工具：

1、http://www.dharmacon.com/seedlocator/default.aspx

可以將備選的靶點用dharmacon 的seedlocator進行篩選，選擇脫靶效應小的靶點。

具體文獻：Nature Methods 3, 199 - 204 (2006)

3' UTR seed matches, but not overall identity, are associated with RNAi off-targets。

2、http://rnai.cs.unm.edu/offTarget

這個軟件可以相對降低脫靶，自行設計一些細致參數。